故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年,当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们,此时菅山遭到不明人士的袭击,GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
曾为魔王·织田信长爱刀的四名刀剑男士,他们将在织田信长被刺杀的本能寺之变出阵。在纷乱之中,他们需要保护的历史是什么?他们的使命又是什么?一个在循环在历史中寻找起源的物语,现在开始。