故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
“这种想要为别人加油的感情……是从何而来的呢？” 鹰之咲高中，是一个准备卫冕啦啦操全国大赛的名门学校。而啦啦操社的美空彼方，在初中时就拿过全国冠军，高一时就成为了正选队员，但却因为在大赛中的失误，再也跳不起来了。 而在某天，彼方看到了高速在大楼之间飞跃的跑酷高中女生，小父内凉叶。 除了她们两人，还有艺术体操大小姐诗音；从巴西归来的混血儿杏那；杏那的同班同学，瑜伽哲学女生稳花；以及彼方的前队友，坐在轮椅上的女生惠深。 兴趣、特长乃至性格都各自不同的成员们时而一起歌唱，时而发生冲突，时而表演短剧，时而想入非非…… 而当想为人加油的纯粹想法产生共鸣时，“花球嘭嘭”的加油便会超越啦啦操的范畴，直接传达到人心中。 群马的六个女高中生的加油， 也许能让世界有所改变？
打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
