身为人类少女，却与人类不同的存在——精灵。拥有强大能力，在从邻界显现时会引发被称为“空间震”的灾害的她们，甚至被称为人类的天敌。人类对付这种精灵威胁的手段，是武力消灭，或者——“约会吧，让我出去玩！”五河士道拥有通过吸取精灵与之亲吻来封印力量的能力。以这种力量拯救了人类和精灵们的他周围，一场巨大的动荡即将到来。瞄准世界一流巨型企业精灵力量的DEM产业，为了夺走士道的生命，全力展开袭击。然后，在士道记忆深处的神秘少女，显现出她的真实身份——。许多想法交织在一起，历史上最大的战斗开始了。
近未来，人类科技空前进步。与此同时，邪恶也在世界范围内肆意蔓延。拥有优秀科学家团队和先进机械研发技术的机械皇帝妄图称霸世界。他建立起一个庞大的机器王国，下面的战士配有名为“B'T”高智能机器人。凭借于此，机械王国所向披靡，无往不利。在机械皇帝之下另有四个地位尊贵显赫的四灵将，四灵将之一华莲偶然得知机械皇帝的真面目，于是带着她的B'T逃脱，最终她隐居在神居岛，担任少年铁兵的教练。 5年后，铁兵的兄长——天才机械科学家钢太郎在某国的机械博览会上遭到机械皇帝的绑架。铁兵为救兄长秘密潜入机械王国，偶然机会更使华莲早已报废的B'T复活，并将之命名为B'T X。这对搭档开始向着神秘、强大的机械王国进发。在这一过程中，机械皇帝的真面目也逐渐被揭开……
宇宙世紀0071年。サイド3ムンゾ自治共和国の議長だった父ジオン・ズム・ダイクンを亡くしたキャスバルとアルテイシアは、父の側近ジンバ・ラルと一緒にサイド3を脱出。地球で、エドワウ・マスとセイラ・マスと名前を変えて生活していた。一方サイド3はジオン自治共和国と国名を改め、副議長だったデギン・ソド・ザビ率いるザビ家が実権を掌握。ザビ家はキャスバルとアルテイシアを追いつつ、対地球連邦軍をにらみ、新兵器のモビルワーカーの開発に着手していた。
