从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
故事发生在美丽的不可思议星球上，这颗和平的星球上有七个国家，每一个国家各司其职，维系着这颗星球平稳的转动着。然而某一日，身为星球中心的太阳王国之中却发生了异常，这也就意味着，这颗星球在极短的时间内就将要崩溃。此时，法音（小岛惠美 配音）和莲音（后藤邑子 配音）两位太阳果的公主出现了，拯救了这次危机。 之后，两人离开了太阳星球，来到了皇家奇迹星球，在这里，树立着皇家奇迹学校，在这所学校里就读的，是来自与各国的公主与王子们，他们要在此取得成为皇后与国王的资格，方可毕业回国。学校里的课业紧张，竞争激烈，法音和莲音能否承受住压力，坚持到最后呢？
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
“这种想要为别人加油的感情……是从何而来的呢？” 鹰之咲高中，是一个准备卫冕啦啦操全国大赛的名门学校。而啦啦操社的美空彼方，在初中时就拿过全国冠军，高一时就成为了正选队员，但却因为在大赛中的失误，再也跳不起来了。 而在某天，彼方看到了高速在大楼之间飞跃的跑酷高中女生，小父内凉叶。 除了她们两人，还有艺术体操大小姐诗音；从巴西归来的混血儿杏那；杏那的同班同学，瑜伽哲学女生稳花；以及彼方的前队友，坐在轮椅上的女生惠深。 兴趣、特长乃至性格都各自不同的成员们时而一起歌唱，时而发生冲突，时而表演短剧，时而想入非非…… 而当想为人加油的纯粹想法产生共鸣时，“花球嘭嘭”的加油便会超越啦啦操的范畴，直接传达到人心中。 群马的六个女高中生的加油， 也许能让世界有所改变？
