故事发生在美丽的不可思议星球上，这颗和平的星球上有七个国家，每一个国家各司其职，维系着这颗星球平稳的转动着。然而某一日，身为星球中心的太阳王国之中却发生了异常，这也就意味着，这颗星球在极短的时间内就将要崩溃。此时，法音（小岛惠美 配音）和莲音（后藤邑子 配音）两位太阳果的公主出现了，拯救了这次危机。 之后，两人离开了太阳星球，来到了皇家奇迹星球，在这里，树立着皇家奇迹学校，在这所学校里就读的，是来自与各国的公主与王子们，他们要在此取得成为皇后与国王的资格，方可毕业回国。学校里的课业紧张，竞争激烈，法音和莲音能否承受住压力，坚持到最后呢？
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
