他们，是最强的不良少年军团。同时，也是这个城镇的英雄──偏差值最底层，但打架最强。那便是知名的超级不良少年学校──风铃高中。今年春天，以成为风铃高中第一为目标的风铃高中一年级生──樱遥来到了这个城镇，得知风铃高中被称之为「防风铃」，成为了守护城镇的集团。于是，身为风铃其中一员的樱，开始为了守护城镇而战──！用那拳头，守护街道！不良高中生·樱的打架英雄传说！
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
